突然の辞職に対して、給与の支払いについては法律に基づいて判断する必要があります。日本の労働基準法では、労働者が働いた分の賃金は必ず支払わなければならないとされています（労働基準法第24条）。これは、労働者が働いた時間に対して適切な賃金を受け取る権利があることを意味します。

あなたの状況では、社員が入社して3週間目で突然辞めたとのことですが、その間に働いた時間に対する賃金は法律上支払わなければなりません。たとえその社員がまだロクな仕事をしていなかったとしても、働いた時間に対する賃金は支払う義務があります。

また、多大な被害を被ったという点については、それが具体的にどのようなものであるかによりますが、一般的には賃金の支払いとは別の問題となります。被害があった場合、それに対する賠償請求などの法的手段を検討することができますが、それは賃金の支払いとは別の問題です。

結論として、労働基準法に基づき、社員が働いた分の賃金は支払わなければなりません。多大な被害に対する対応は、賃金の支払いとは別に考える必要があります。