タイムカードの改ざんは、労働基準法に違反する重大な問題です。あなたの主人のケースでは、会社が管理監督者のタイムカードを改ざんし、深夜手当を支払わないという問題が発生しています。これは、労働者の権利を侵害する行為であり、法的に許されるものではありません。

まず、タイムカードの改ざんに関しては、証拠がある場合、労働基準監督署に相談することができます。労働基準監督署は、労働基準法の違反に対して調査を行い、必要に応じて是正勧告を行います。また、深夜手当の未払いについても、労働基準監督署に相談することで、未払い分の支払いを求めることができます。

次に、退職に関してですが、自己都合退職後に会社都合退職扱いになることは一般的に難しいとされています。しかし、会社の違法行為が明らかである場合、労働基準監督署の調査結果によっては、会社都合退職として扱われる可能性もあります。ただし、これは労働基準監督署の判断に依存するため、必ずしも期待できるものではありません。

最後に、サービス残業についてですが、証拠がない場合、法的に立証することは難しいです。しかし、タイムカードの改ざんが証明されれば、それに伴うサービス残業も含めて、未払い賃金の請求が可能になる場合があります。

このような状況では、まずは労働基準監督署に相談し、法的なアドバイスを受けることが重要です。また、弁護士に相談することで、法的な手続きや請求の方法について詳しく知ることができます。