パートタイマーが退職の意志を伝えた後、2週間欠勤しても違法ではありません。ただし、労働基準法により、退職する場合は最低でも2週間前までに会社に通知することが求められています。あなたの場合、既に上司に退職の意志と体調不良を伝えているため、法的には問題ありません。しかし、会社の規則や慣習によっては、欠勤に関する特別なルールがある場合もありますので、その点は確認しておくことをお勧めします。また、体調不良が続く場合は、医師の診断書を提出することで、会社側の理解を得やすくなる可能性があります。