36協定における残業時間の制限は、法定外労働時間に対して適用されます。法定外労働時間とは、労働基準法で定められた法定労働時間（1日8時間、週40時間）を超える労働時間を指します。一方、所定外労働時間とは、会社が定めた所定労働時間を超える労働時間ですが、これが法定労働時間内であれば、36協定の対象外となります。

例えば、法定外労働時間が40時間、所定外労働時間が9時間の場合、法定外労働時間の40時間が36協定の制限である45時間以内であれば、違反にはなりません。ただし、所定外労働時間が法定労働時間を超える部分は、法定外労働時間としてカウントされるため、注意が必要です。

具体的には、法定労働時間が1日8時間、週40時間で、会社が定める所定労働時間が1日7時間、週35時間の場合、1日1時間の所定外労働は法定労働時間内であり、36協定の対象外です。しかし、1日2時間の所定外労働は、法定労働時間を1時間超えるため、法定外労働時間として36協定の対象となります。

したがって、36協定の残業時間制限は、法定外労働時間にのみ適用され、所定外労働時間が法定労働時間内であれば、36協定の対象外となります。