日本の労働基準法により、労働者は法定労働時間を超えて働いた場合、その時間外労働に対する賃金を請求する権利があります。これは、仕事の内容が誰の責任であるかに関わらず適用されます。したがって、同僚が上司の指示に従い残業を行った場合、その時間外労働を申請することは当然の権利です。

上司が「自分に非がある仕事については申請しないのが当然だ」と考えるのは、労働基準法に反する考え方です。労働者が過労死などの問題に直面した場合、残業申請の記録は労働環境を明確にする重要な証拠となります。したがって、残業を行ったすべての時間について申請を行うことは、労働者の権利保護と労働環境の透明性を確保するために不可欠です。

また、このような状況では、労働基準監督署に相談することも一つの選択肢です。労働基準監督署は、労働基準法の遵守状況を監督し、労働者の権利を保護するための機関です。労働者が権利を行使することを妨げるような行為に対しては、適切な指導や是正勧告を行います。

結論として、残業を行ったすべての時間について申請を行うことは、労働者の権利であり、それを行使することは労働基準法に基づく正当な行為です。上司の不適切な指示に対しては、法的な手段を通じて対処することが可能です。