日本の労働基準法によると、休職期間は原則として1年以内とされていますが、就業規則によってこれが短縮されることもあります。ご質問のケースでは、就業規則により休職期間が来月末までに制限されているとのことです。この場合、休職期間終了後に復帰できない場合、退職を求められることがあります。

退職の理由が自己都合かどうかは、退職を申し出る側の状況によります。復帰が困難である理由が、例えば健康上の問題や家庭の事情など、個人的な都合によるものであれば、自己都合退職となります。一方、会社側の事情（例えば、職場環境の変化や業務上の必要性など）により復帰が困難となる場合は、会社都合退職となる可能性があります。

自己都合退職の場合、失業保険の給付を受けることができないなどのデメリットがありますが、会社都合退職の場合は失業保険の給付を受けることができる可能性があります。したがって、退職の理由が自己都合か会社都合かによって、退職後の経済的支援や再就職活動に影響を与えることがあります。

退職に関する具体的な判断については、労働基準監督署や弁護士などの専門家に相談することをお勧めします。また、退職に際しては、退職届の提出や退職金の受け取りなど、手続き上の注意点もありますので、事前に確認しておくことが重要です。