従業員が会社の資金を横領した場合、その行為は刑法上の罪であり、会社は法的手段を取ることができます。労働基準監督署は、労働基準法に基づいて労働条件の確保や労働者の権利保護を行う機関であり、個別の犯罪行為に対する解雇除外認定を行う権限はありません。解雇に関する判断は、会社の内部規定や就業規則、労働契約に基づいて行われます。ただし、解雇は労働者の権利を不当に侵害しないよう、労働基準法の解雇権濫用法理に照らして慎重に行う必要があります。具体的な判断については、弁護士や労働問題の専門家に相談することが推奨されます。