はい、裁量労働制で残業時間を過少申告する指示は違法です。日本の労働基準法により、労働者は正確な労働時間を申告する権利があり、雇用者はこれを尊重しなければなりません。裁量労働制であっても、実際の労働時間が法定労働時間を超える場合、その超過時間は残業時間として扱われ、適切に報酬が支払われるべきです。過少申告を強制することは、労働者の権利を侵害し、労働基準法違反となります。このような指示に従うことは、法的にも倫理的にも問題があります。労働者は、このような指示に対しては、労働基準監督署などの関係機関に相談することを検討するべきです。