賞与の査定において、有給休暇の取得状況によって支給金額に差を設けることは、労働基準法に違反する可能性があります。労働基準法第39条は、有給休暇を労働者の権利として保障しており、使用するか否かが労働条件に影響を与えることは許されていません。会社が有給休暇を取得した者を減額しているのではなく、取得しなかった者を優遇していると主張する場合でも、実質的には取得した者が不利になることに変わりはなく、これは労働基準法の精神に反すると考えられます。

また、皆勤手当についても、有給休暇の取得が理由で支給されないことは、労働者の権利を侵害するものとなります。皆勤手当は、労働者が出勤した日数に応じて支給されるものであり、有給休暇は出勤したものとみなされるため、その取得が理由で手当が減額されることは適切ではありません。

このような状況にある場合、労働者は労働基準監督署に相談することができます。労働基準監督署は、労働基準法違反の疑いがある場合に調査を行い、適切な是正措置を講じる権限を持っています。また、労働組合に加入し、団体交渉を通じて問題解決を図ることも一つの方法です。

労働者の権利を守るためには、法律に基づいた対応が必要であり、会社の一方的な方針に従うだけではなく、自らの権利を主張し、適切な手段を講じることが重要です。