36協定において、労働者ごとに残業時間を区別することは基本的にはできません。36協定は、労働基準法第36条に基づく労使協定であり、特定の業務に従事する労働者全体に対して適用されるものです。したがって、個々の労働者に対して異なる残業時間を設定することは、36協定の基本的な考え方に反します。

ただし、労働者の職種や業務内容によっては、特定の労働者グループに対して異なる残業時間を設定することが認められる場合があります。例えば、管理職と非管理職で残業時間を区別することは一般的に認められています。また、特定の業務に従事する労働者グループに対して、その業務の特性を考慮して異なる残業時間を設定することもあります。

しかし、これらの場合でも、労働者ごとに異なる残業時間を設定することは認められていません。36協定は、労働者全体に対して適用されるものであり、個々の労働者に対して異なる残業時間を設定することは、36協定の基本的な考え方に反するためです。

したがって、ご質問のように、労働者Aと労働者Bに対して異なる残業時間を設定することは、36協定の基本的な考え方に反するため、認められないと考えられます。