初年度の有休に関する質問について、まずは労働基準法に基づいて説明します。労働基準法では、入社後6ヶ月間継続勤務し、全労働日の8割以上出勤した労働者に対し、10日の年次有給休暇を与えることが義務付けられています。ただし、この10日は全ての労働者に一律に与えられるものではなく、勤続年数に応じて日数が増加します。

具体的には、入社後6ヶ月から1年6ヶ月までの間は10日、1年6ヶ月から2年6ヶ月までは11日、というように、勤続年数が増えるごとに1日ずつ増えていきます。ただし、これはあくまで法的な最低基準であり、企業によってはより多くの有給休暇を付与している場合もあります。

ご質問のケースでは、10月から3月の間に5回の有休を取ることがネットで検索した結果となっていますが、これはおそらく企業独自の規定や就業規則に基づいたものでしょう。一方で、上司からは3回までという指示があったとのことですが、これは会社の方針や業務の都合によるものと考えられます。

法的には、付与された有給休暇は労働者が自由に取得できる権利ですが、実際の業務運営上、全ての有給休暇を一度に取得することが難しい場合もあります。そのため、会社側からは有休の取得回数や時期について指導があることも一般的です。

結論として、初年度の有休については労働基準法に基づく最低10日の付与が原則ですが、企業の就業規則や業務の都合により、取得回数や時期に制限が設けられることもあります。ご自身の会社の就業規則を確認し、上司とのコミュニケーションを通じて、適切な有休取得の方法を模索することをお勧めします。