1か月単位の変形労働制は、労働基準法第32条の4に基づき、1か月以内の一定期間を平均して1週間の労働時間が40時間を超えない範囲内で、特定の日や週において法定労働時間を超えて労働させることができる制度です。この制度を適用するには、就業規則または労使協定により、対象期間、対象労働者、労働日と労働時間の特定が必要です。

具体的には、1か月単位の変形労働制を適用する場合、会社は事前に労働日と労働時間を特定し、これを就業規則や労使協定に明記する必要があります。これにより、労働者は自分の労働時間を把握し、計画的に生活を組み立てることができます。また、この事前の特定がない場合、労働基準法に違反する可能性があります。

ご質問のケースでは、会社から特定の日における労働時間の指示があるものの、就業規則にそのような記載がないとのことです。この場合、会社は就業規則を改定し、適切に労働時間を特定する必要があります。また、労働者に対しては、その改定内容を周知する義務もあります。

なお、1か月単位の変形労働制を適用する際には、労働基準監督署への届出も必要です。この届出には、対象期間、対象労働者、労働日と労働時間の特定内容が含まれます。これにより、労働基準監督署は制度の適正な運用を監督することができます。

以上のように、1か月単位の変形労働制を適用するには、会社には事前に労働日と労働時間を特定し、これを就業規則や労使協定に明記する義務があります。これにより、労働者の権利が保護され、労働基準法に基づく適正な労働環境が確保されます。