手取り18万円（残業代含む）、交通費上限5000円まで（7000円実費）、就業時間9時から22時過ぎまで、週休2日（土日とは限らない）の短大卒の新入社員の場合、これはブラック企業でしょうか？

日本の労働基準法により、労働者の権利は保護されています。あなたの提供した情報に基づくと、いくつかの点で懸念があります。

まず、手取り18万円という給与は、東京都の最低賃金（時給1,041円）に基づいて計算すると、月に約17万円程度になります。これは、あなたの給与が最低賃金に近いことを示しています。さらに、交通費の実費が7000円に対して、会社が支給する上限が5000円というのは、会社が労働者の負担を軽減する義務を果たしていない可能性があります。

次に、就業時間が9時から22時過ぎまでというのは、法定労働時間（1日8時間、週40時間）を大幅に超えています。ただし、「最後まで全員残るので実際は残業はなし」という記述がありますが、これは労働時間の管理が適切でない可能性を示唆しています。

週休2日は法定の休日数を満たしていますが、土日でない場合、労働者の生活リズムに影響を与える可能性があります。

これらの点を考慮すると、あなたの労働条件は労働基準法に違反している可能性があります。具体的には、最低賃金の遵守、交通費の支給、労働時間の管理、休日の設定などが問題となります。

このような状況では、労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は、労働者の権利を保護し、違法な労働条件を是正するための機関です。また、労働組合に加入することも、労働条件の改善に役立つでしょう。

最後に、労働条件は労働者の生活の質に大きく影響します。自分の権利をしっかりと理解し、適切な手段で保護することが大切です。