通勤手当の申請について、複数の自宅から通勤している場合の対応は、会社の規定によります。一般的には、通勤手当は実際の通勤距離に基づいて支給されることが多いですが、会社によっては住民票登録地や主たる居住地を基準にする場合もあります。あなたの場合、遠い方の自宅に住民票登録があり、そこからの通勤が主であるということであれば、その距離に基づいて通勤手当を申請することは合理的です。ただし、会社の規定や申請方法によっては、通勤手当の支給額が変わる可能性があるため、一度会社の人事部門に確認することをお勧めします。また、後から問題が生じないよう、申請時には可能な限り詳細な情報を提供することが重要です。