休職中の欠勤控除については、基本的に休職期間中は勤務していないため、欠勤控除は発生しません。ただし、会社の就業規則や労働契約に特別な規定がある場合は、その限りではありません。あなたの場合、9月分の給与については、8月の休職前に欠勤があったため、その分の控除が発生している可能性があります。しかし、10月分については、月初から休職中であり、給与も振り込まれていないにもかかわらず、欠勤控除が発生しているのは不自然です。これは給与計算ミスの可能性が高いです。会社の労務部門に連絡を取ることは正しい考え方ですが、給与計算が委託されている場合は、委託先に直接連絡することも一つの方法です。その際、連絡の記録を残し、後日のトラブル防止に役立てることをお勧めします。また、労働基準監督署に相談することも一つの手段です。