新卒社員が就業規則に違反し、注意を受けても反発し、体調不良を理由に頻繁に欠勤する場合、上司としての対処は慎重かつ丁寧でなければなりません。まず、就業規則の違反については、明確なルールとその重要性を再度説明することが重要です。個人の表現の自由と職場のルールのバランスを図るため、柔軟性を持った対応も考えられますが、基本的なルールは守るべきです。

次に、体調不良については、本当に健康上の問題があるのか、それとも他の要因（例えば、職場適応の問題、ストレスなど）が関係しているのかを見極める必要があります。これには、心の健康にも配慮し、専門家の助言を求めることも一つの方法です。また、欠勤については、適切な連絡があることは良いことですが、頻繁な欠勤は職場のモラルに影響を与える可能性があるため、これを防ぐための措置を講じる必要があります。

最後に、このような状況にある新卒社員が辞めないことを考えると、一方的に解雇するのではなく、改善のためのプロセスを設けることが重要です。例えば、定期的な面談を設け、問題点を明確にし、改善のための具体的なアクションプランを一緒に立てることができます。これにより、社員の成長を促し、職場環境の向上にもつながるでしょう。

全体として、このような状況にある新卒社員に対しては、厳しさと優しさをバランスよく持ち合わせた対応が求められます。それにより、個々の成長と職場全体の調和を図ることができるでしょう。