退職に関するあなたの質問について、以下のように回答します。

1. まずは上に相談してから退職届を出すべきか、それとも退職届を出すとき一緒に退職する旨を伝えても良いのか
   退職を考えている場合、まずは上司や人事部門に相談することが一般的です。これにより、退職の理由や希望する退職日などを詳しく伝えることができ、会社側もそれに基づいて対応策を講じることができます。特にあなたの場合、うつ病の診断を受けており、医師から休職を勧められていることから、この情報も含めて相談することが望ましいです。退職届を提出する際に退職の旨を伝えることも可能ですが、事前に相談することで、会社側が引き継ぎの準備や退職手続きのための時間を確保することができます。

2. 現在引き継ぎをしてくれそうな人はいることはいるのですが、年中繁忙期で引き止めや延期も提案されそうな感じなのですが、断っても大丈夫でしょうか(手順書やマニュアルは前任者が作成済みです。)
   繁忙期においても、あなたの健康状態を最優先に考えるべきです。医師から休職を勧められている以上、無理に仕事を続けることはあなたの健康を損なう可能性があります。引き継ぎのための手順書やマニュアルが既にある場合、引き継ぎのプロセスは比較的スムーズに進むはずです。会社側から引き止めや延期の提案があった場合、あなたの健康状態を理由に断ることは全く問題ありません。会社もあなたの健康を尊重し、適切な対応を取るべきです。

退職の流れについては、まずは上司や人事部門に相談し、退職届を提出します。その後、引き継ぎのための打ち合わせや手続きを行い、最終的に退職日を迎えることになります。退職に関する具体的な手続きや日程については、会社の人事部門に確認することをお勧めします。