退職に伴う有給休暇や休日の消化について、あなたの状況は法的にも複雑な問題を含んでいます。まず、有給休暇については労働基準法第114条により、退職時に未消化の有給休暇は賃金として支払われることが義務付けられています。しかし、この買取りが違法かどうかは、具体的な状況や会社の規定、さらには労働基準監督署の判断によります。一般的には、有給休暇の買取りは違法とされることが多いですが、あなたの場合、9/30までに引き継ぎを行い、その後の有給休暇を買取りするという形での対応が提案されているため、法的な問題が生じる可能性は低いと考えられます。ただし、これについては労働基準監督署に相談することをお勧めします。

次に、休日の消化についてですが、変形労働制の下では、年間の休日日数が法定の最低限の日数（年間105日）を満たしている場合、特定の月で休日を消化しなかったとしても、法的に問題があるとは言えません。ただし、これも会社の規定や労働契約の内容によりますので、確認が必要です。

最後に、給与の買取りについてですが、有給休暇の買取り額は通常、平均賃金（過去3ヶ月の賃金総額を労働日数で割った額）に基づいて計算されます。したがって、基本給だけでなく、労務手当や役職手当、その他資格手当なども含めた総額から計算されるべきです。この点についても、労働基準監督署に確認することをお勧めします。

まとめると、あなたがしなければいけないことは、まず会社との交渉を行い、有給休暇や休日の消化について明確な合意を得ることです。その上で、法的な問題がないかどうかを労働基準監督署に相談することが重要です。