あなたの経験は、労働法に違反する可能性のある問題を浮き彫りにしています。日本の労働基準法では、有給休暇の取得は労働者の権利とされており、雇用者は正当な理由なくこれを拒否することはできません。また、健康診断などの医療行為に関連する有給休暇の取得は、特に優先的に認められるべきです。

あなたの会社が、他の同僚との平等性を理由に有給休暇を拒否したことは、労働者間の差別とみなされる可能性があります。さらに、残業代の未払いも労働基準法違反であり、労働者の権利を侵害しています。

このような状況では、労働基準監督署に相談することが可能です。労働基準監督署は、労働者の権利を守るための行政機関であり、労働条件の是正や未払い賃金の回収などを行う権限を持っています。また、法的手段として労働審判や訴訟を起こすことも考えられますが、これには専門的な知識が必要となるため、弁護士に相談することをお勧めします。

労働者の権利は法律によって保護されており、不当な扱いに対しては適切な手段を講じることが重要です。あなたの状況を改善するために、労働基準監督署や弁護士に相談することを検討してください。