日本の労働基準法によると、病気や怪我で休む場合、労働者は有給休暇を使用する権利があります。ただし、この権利は労働者が明示的に有給休暇を使用する旨を申請した場合に限ります。ご質問のケースでは、社員が口頭での申請はなく、タイムカードにのみ有給休暇と記載されています。この場合、法的には有給休暇の使用が認められていないため、欠勤扱いで給与を控除することは可能です。しかし、労働基準監督署から減給は違法と言われたという点に注意が必要です。これは、労働者が病気や怪我で休む場合、会社が無断欠勤として扱うことを禁止しているためです。したがって、このケースでは、社員が病気で休んだ日数について、有給休暇として賃金を支払うことが適切です。これにより、労働基準法に違反するリスクを回避できます。また、今後同様のケースが発生した場合に備えて、有給休暇の使用に関する明確なルールを社内に設けることをお勧めします。