あなたの質問に対する回答は、職場における公平性と一貫性の重要性に関するものです。まず、職場においては、ルールや罰則は全ての従業員に平等に適用されるべきです。あなたの上司が遅刻に対する罰則を設けること自体は問題ありませんが、それが特定の従業員にのみ適用されるのであれば、公平性に欠けると言えます。

社長が遅刻しているのであれば、その罰則は社長にも適用されるべきです。しかし、社長に対する罰則を直接上司に求めるのではなく、会社の人事部門や労働基準監督署などの第三者機関に相談することをお勧めします。これにより、公平性を保ちながら、職場のルールが全ての従業員に適用されるようになります。

また、便所掃除などの体罰的な罰則は、労働基準法に違反する可能性があります。労働基準法では、労働者の人格を尊重し、人権を侵害しないことが求められています。したがって、遅刻に対する罰則は、給与の減額や警告など、法的に許容される範囲内で行うべきです。

最後に、職場における公平性と一貫性を保つためには、全ての従業員がルールを理解し、遵守することが重要です。そのためには、会社全体でルールを共有し、全ての従業員がそれに従うように努めることが必要です。