SES会社の契約社員として、退職に関する問題に直面しているようですね。まず、民法に基づくと、労働者は退職の意思表示をする際に、通常は2週間前までに会社に通知すれば法的に問題はありません。しかし、あなたの場合、会社は契約期間が残っているため、退職願を受理できないと主張しています。

この状況では、まず雇用契約書や就業条件明示書を再確認することが重要です。これらの文書に退職に関する特記事項がない場合、民法の規定が適用される可能性が高いです。ただし、SES会社の場合、客先との契約が絡むため、会社が客先との関係を考慮して退職を制限することもあります。

会社が客先との間で発生した損害賠償を請求する可能性については、具体的な損害が発生しているか、その責任があなたにあるのかを明確にする必要があります。これについては、会社との話し合いや、必要に応じて労働基準監督署や弁護士に相談することをお勧めします。

結論として、会社の言い分に従うべきかどうかは、契約書の内容、民法の規定、そして客先との関係性などを総合的に判断する必要があります。法的な観点からは、2週間前の通知で問題ないとされていますが、会社との関係や客先との契約を考慮すると、柔軟に対応することが求められるかもしれません。