9月いっぱいで会社を辞める旨を２週間前に伝えたら会社で用意したアパートの違約金を払えと言われました。これは法律上払わなくてはいけないものでしょうか？

会社が用意したアパートの違約金については、法律上の明確な規定はありませんが、一般的には、契約書に違約金の条項がある場合、それに従うことが求められます。ただし、労働契約法第16条により、使用者は労働者に対して不当な解雇や退職勧奨を行うことはできません。そのため、会社が違約金を請求することが不当であると判断される場合もあります。具体的な判断については、労働基準監督署や弁護士に相談することをお勧めします。