パワハラの認定は、具体的な状況とその解釈によります。あなたの場合、従業員が妊娠休暇後に復帰し、賞与を支払った際に、「これはあなたが休んでいる間の他の皆さんの頑張りによるもの。感謝してください。」と伝えたことや、「今より2倍3倍、頑張ってくれていいんだよ。なんてね」と冗談めかして伝えたことが問題視されています。これらの言葉は、従業員に対する感謝の意を表したものであると解釈できますが、一方で、従業員が受け取った印象は異なる可能性があります。特に、従業員が「不在の間どれだけ大変だったかをしつこく言われた」と感じたことや、「時短だから給料から引いてくれと頼んだのに引かず、正規給料を払っていることへ感謝しろとしつこく言われた」という点は、パワハラと認定される可能性を高める要因となります。パワハラの認定は、言動が意図的かどうかではなく、その結果として従業員がどのように感じたかが重要です。従業員が精神的な圧力を感じ、それが職務に支障をきたしていると判断される場合、パワハラと認定される可能性があります。具体的な状況を詳細に分析し、法的な観点からも検討することが重要です。労働基準監督署への相談も一つの手段ですが、その前に、専門家（弁護士や労働問題のコンサルタント）に相談し、状況を整理することをお勧めします。