有給休暇の事前申請が処理されなかった場合、まずは冷静に対応し、上司や人事部門とのコミュニケーションを確保することが重要です。以下に具体的な対処方法を示します。

1. 証拠の確保: 有給休暇の申請書や電子メール、システム上の記録など、申請を行った証拠を確保します。これは、後になって申請が行われていないと主張された場合の防御策となります。

2. 上司との対話: 上司に対して、申請の証拠を提示しながら、申請が行われたことを再度伝えます。この際、冷静かつ丁寧な態度で話すことが大切です。

3. 人事部門への連絡: 上司が問題を解決しない場合、人事部門に連絡し、状況を説明します。人事部門は労働基準法に基づいた対応を行うことが期待できます。

4. 労働基準監督署への相談: 会社が法的な基準を無視していると感じた場合、労働基準監督署に相談することも一つの手段です。労働基準監督署は、労働者の権利を保護し、会社が法的な義務を履行しているかを確認する権限を持っています。

5. 労働組合との連携: 労働組合に加入している場合、組合に相談し、法的なアドバイスや支援を受けることができます。

このような状況は、会社の内部ルールやシステムの不備、またはコミュニケーションの問題に起因することが多いです。しかし、労働者の権利を侵害する行為である可能性もあるため、適切な対処が必要です。

また、今後のために、有給休暇の申請方法や確認方法を再確認し、申請が正しく処理されるようにすることも重要です。これにより、同様の問題が再発することを防ぐことができます。