残業時間によるボーナス評価システムは、労働基準法に違反する可能性があります。労働基準法では、法定労働時間を超える残業に対しては割増賃金を支払うことが義務付けられており、残業時間を増やすことを奨励するシステムは、労働者の健康と安全を損なう恐れがあります。労働基準監督署は、労働基準法の遵守状況を監督し、違反があれば是正勧告や指導を行います。具体的には、労働者からの申告や監督署の調査により、違反が発見された場合には、会社に対して是正措置を求めることがあります。また、違反が重篤である場合には、罰則が科されることもあります。したがって、このようなシステムが労働基準法に違反していると判断されれば、労働基準監督署からの指導や是正勧告が入る可能性があります。