有給休暇がマイナスになっている状況は、労働基準法に違反する可能性があります。労働基準法第39条により、使用者は労働者に対して年次有給休暇を与える義務があり、これを超過してマイナスにすることは許されていません。あなたの場合、半年前に退職を伝えた際に、管理者とともに有給休暇を計算し、その後の申請で有給休暇を使い切ったと思っていたにも関わらず、会社の計算ミスによりマイナスになっていることが発覚しました。

このような状況では、まずは会社との話し合いを通じて、マイナス分の有給休暇をどのように清算するかを明確にすることが重要です。会社が提示した方法に納得がいかない場合、労働基準監督署に相談することができます。労働基準監督署は、労働基準法の違反に対して調査を行い、是正勧告を出す権限を持っています。また、労働組合に加入している場合は、組合を通じて交渉を行うことも一つの方法です。

退職前にこのような問題が発生した場合、迅速に対応することが求められます。会社との交渉で解決できない場合、労働基準監督署や弁護士に相談し、法的な手段を検討することも必要かもしれません。労働者の権利を守るために、適切な対応を取ることが重要です。