派遣社員が労災事故に遭い、医療費を立て替えてもらった場合、その費用の支払いについては、労働基準法と労働者災害補償保険法（労災保険法）に基づいて判断されます。

労働基準法第75条により、使用者は労働者が業務上の負傷や疾病により療養のために必要な費用を負担する義務があります。これは派遣社員にも同様に適用されます。派遣社員の場合、派遣元企業がこの義務を負います。

また、労災保険法により、業務上の負傷や疾病による療養補償給付が支給されます。この給付には、療養のための費用が含まれます。派遣社員が労災事故に遭った場合、派遣元企業は労災保険からの給付を受けることができます。

そのため、派遣社員が医療費を立て替えてもらった場合、その費用は派遣元企業が負担するべきであり、派遣社員自身が支払う必要はありません。派遣元企業は、労災保険からの給付を受けることで、医療費を回収することができます。

派遣先企業が「雇用形態の違い」を理由に医療費を支払うよう指示したのは、法的に誤りです。派遣社員は、労働基準法と労災保険法に基づいて、正当に保護される権利があります。

このような状況にある場合、派遣社員はまず派遣元企業に連絡し、法的な権利を説明し、医療費の支払いを求めることができます。派遣元企業が対応しない場合、労働基準監督署に相談することができます。労働基準監督署は、労働基準法の違反について調査し、是正措置を取る権限を持っています。

また、労災保険の給付については、労働者災害補償保険特別加入制度を利用している場合、特別加入者本人が直接労災保険から給付を受けることも可能です。この場合、派遣元企業を介さずに給付を受けることができます。

以上のように、派遣社員が労災事故に遭った場合の医療費の支払いについては、法的に明確なルールがあります。派遣社員はこれらの法律に基づいて、正当な権利を主張することができます。