台風などの自然災害による臨時休業で、会社が従業員に有給休暇を使用させることが違法かどうかについては、以下の点を考慮する必要があります。

まず、労働基準法によると、使用者は災害その他やむを得ない事由により事業の継続が困難となった場合には、休業をすることができます。この場合、使用者は休業手当を支払う必要があります。休業手当は、平均賃金の60%以上である必要があります。

次に、有給休暇については、労働者が希望すれば取得することができますが、使用者は合理的な理由があれば、有給休暇の取得を認めないこともできます。しかし、臨時休業の場合には、労働者が有給休暇を取得することを強制することは、労働基準法に違反する可能性があります。

具体的には、臨時休業が発生した場合、使用者は労働者に休業手当を支払う必要があります。そのため、会社が全員に有給休暇を申請させることは、労働者の権利を侵害する可能性があります。

したがって、台風による臨時休業で、会社が全員に有給休暇を申請させることは、違法である可能性があります。労働者は、労働基準監督署に相談することを検討することができます。