労働基準法により、労働者は1日に少なくとも45分の休憩を取る権利があります。また、1日8時間以上の労働に対しては、少なくとも1時間の休憩が義務付けられています。あなたの場合、実際には30分程度の休憩しか取れていないにもかかわらず、勤怠申請では1時間の休憩を取ったことにしているとのことです。これは労働基準法に違反する可能性があります。

さらに、36協定に基づき、法定労働時間を超える労働を行う場合、事前に労働基準監督署に届け出る必要があります。あなたが毎月45時間以上の残業を行っているとのことですが、これが適切に届け出られていない場合も違法となります。

また、内部監査で勤務表に関する指摘がなかったことも問題です。勤務表には休憩時間も記録されるべきであり、実際の勤務状況と記録が一致していないことは、労働基準法の遵守を疑わせるものです。

このような状況では、労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は、労働者の権利を守るための機関であり、違法な労働条件に対して是正措置を取ることができます。また、労働組合に加入し、集団交渉を行うことも有効な手段です。

労働者の権利は法律によって保護されており、違法な労働条件に対しては適切な対応を取ることが重要です。あなたの状況について、労働基準監督署や労働組合に相談し、適切なアドバイスを受けることをお勧めします。