労使協定が無効であることを指摘された場合、経営者側が「知らなかった」と主張しても、法的には責任を回避することは難しいです。労働基準法に違反していた場合、労働基準監督署による是正勧告や、場合によっては罰則が科せられる可能性があります。具体的には、無効な労使協定に基づいて行われた労働時間の管理や有給休暇の付与は、法的に無効となります。そのため、土曜日の出勤分が週40時間を超える場合の残業代や、計画的付与された有給休暇分の再計算を求めることは可能です。これらの請求は、労働基準法に基づいて正当なものであり、経営者側はこれに応じる義務があります。また、労働基準監督署に報告することで、経営者側に対して法的な措置を取ることも可能です。ただし、具体的な対応策や法的措置については、弁護士や労働組合などの専門家に相談することを強くお勧めします。