小さな会社の代表として、社員の退職と有給休暇の問題に直面した場合、法的な観点から慎重に対応することが重要です。まず、日本の労働基準法により、有給休暇は労働者が自由に取得できる権利であり、会社は合理的な理由なくこれを拒否することはできません。ただし、会社の規定や業務の都合により、有給休暇の取得に制限を設けることは可能ですが、その規定が合理的であることが前提となります。

あなたの会社の場合、一週間以上連続で休んではいけないという規定があるため、これを理由に解雇を考えているようです。しかし、この規定が労働基準法に違反していないか、また、社員の有給休暇の取得がこの規定に違反しているかどうかを確認する必要があります。

裁判になった場合、以下のような証拠を持っておくことが重要です：

1. 会社の規定書類：一週間以上連続で休んではいけないという規定が明記された規定書類や就業規則の写し。
2. 社員とのやり取りの記録：社員からの退職希望や有給休暇の申請、それに対する会社の対応の記録。
3. 業務上の影響の証拠：社員の休暇が業務に与える影響を示す書類や記録。
4. 法的な根拠：会社の規定が労働基準法に違反していないことを示す法的な根拠や判例。

また、社員の有給休暇の取得が会社の業務に重大な影響を与える場合、会社は労働基準監督署に相談することも考えられます。労働基準監督署は、労働基準法の適用に関する助言や指導を行ってくれます。

最後に、解雇は最終手段であり、法的な手続きを正しく踏むことが重要です。解雇には労働基準法に定める正当な理由が必要であり、その理由が合理的であることを証明できる証拠をしっかりと用意しておくことが求められます。