あなたの状況は複雑で、法律的な観点と倫理的な観点の両方が関わっています。まず、日本の労働基準法によると、雇用主は労働者の安全と健康を確保する義務があります。これには、職場の安全管理や健康診断の実施が含まれます。しかし、ワクチン接種に関しては、現在の法律では強制接種を義務付けることはできません。

社長がワクチン接種を強制し、接種しない場合に出勤を拒否するという行為は、労働者の権利を侵害する可能性があります。これは、労働者の自由意思を無視した行為と見なされ、ハラスメントと判断される可能性があります。特に、あなたがインフルエンザワクチンに反応した経験がある場合、ワクチン接種に対する懸念は合理的であり、これを無視することはさらに問題となります。

一方で、社長の主張する安全管理義務も一理あります。コロナウイルスの感染拡大防止の観点から、社長は職場の安全を確保するために何らかの対策を講じる必要があります。しかし、その対策が労働者の権利を侵害するものであってはなりません。

このような状況では、労働者と雇用主の間で対話を行い、相互理解を図ることが重要です。あなたの懸念を社長に伝え、代替的な安全対策（例えば、テレワークの導入や定期的な検査の実施など）を提案することができます。また、労働基準監督署に相談することも一つの選択肢です。彼らは、労働条件の適正化や労働者の権利保護について助言を行ってくれます。

最終的には、あなたの健康と安全、そして労働者としての権利を守ることが最も重要です。社長との対話を通じて、互いに納得できる解決策を見つけることを目指しましょう。