あなたの会社がコロナワクチンを接種した従業員に対して特別ボーナスを支給することについて、法律上の問題があるかどうかを検討するには、いくつかの点を考慮する必要があります。

まず、日本の労働基準法には、労働者の平等取り扱いに関する規定があります。具体的には、労働基準法第3条において、「事業主は、労働者を不当に差別してはならない」とされています。この規定に照らし合わせると、ワクチン接種の有無によってボーナスの支給を差別することは、労働者間の平等を損なう可能性があり、法律違反となる可能性があります。

次に、労働者の健康保護に関する規定も考慮する必要があります。労働安全衛生法において、事業主は労働者の健康を保護する義務がありますが、これは強制的なワクチン接種を義務付けるものではありません。したがって、ワクチン接種を条件としたボーナス支給は、労働者の自己決定権を侵害する可能性があり、法的に問題があるとされる可能性があります。

さらに、個人情報保護法においても、ワクチン接種の有無という個人情報を適切に取り扱うことが求められています。会社がワクチン接種の有無を確認するために個人情報を収集する場合、その目的と方法、保管期間などについて、法的要件を満たす必要があります。

以上の点から、あなたの会社のワクチン接種者に対する特別ボーナス支給は、労働基準法、労働安全衛生法、個人情報保護法などに抵触する可能性があります。具体的な法的判断については、弁護士や労働問題の専門家に相談することをお勧めします。