契約書に記載された『トラブル対応、決裁事項等に関しては単独で処理してはならない』という条項は、契約社員が単独で重要な決定を下すことを禁止しています。これは、契約社員が組織の方針やルールを理解し、適切な判断を下す能力を持っていない可能性を考慮してのことです。したがって、契約社員が期限を過ぎた提出書類を受け付けるかどうかを決定することは、通常、決裁権の範疇に含まれます。

しかし、あなたの部署ではそのような決定を担当者に任せているようです。この場合、契約書の条項と実際の運用が矛盾している可能性があります。契約書の条項に従うか、部署の運用に従うかは、あなたの会社の内部ルールや方針によります。もし、このような状況が頻繁に発生するのであれば、会社の人事部門や上司に相談し、明確な方針を確立することをお勧めします。

また、契約社員が正規社員に対してそのような対応をとることは、通常は適切ではありません。契約社員は正規社員と同様に職務を遂行することが期待されますが、その権限や責任は契約書に基づいて定められています。したがって、契約社員が正規社員に対して決定を下す場合、それが契約書に違反しないか、または会社の内部ルールに従っているかを確認する必要があります。

最終的には、あなたの会社の内部ルールや方針、そして契約書の条項に従うことが重要です。もし、それらが不明確である場合、上司や人事部門に相談し、明確な方針を確立することをお勧めします。