あなたの状況は、労働契約と経済的利益の分配に関する複雑な問題を抱えています。まず、契約書に記載されている「インセンティブは双方で相談の上支給」という条項は、インセンティブの支給額が明確に定められていないことを意味します。これは、会社がインセンティブを任意に調整できる余地を残している可能性があります。

次に、会社が提示した利益30万円から経費を引いた金額についての納得できない点ですが、これは会社の経費計算方法や利益の定義に関する問題です。会社が経費として計上している項目が適切かどうか、また、利益の計算方法が公正かどうかを確認する必要があります。

さらに、退職を伝えた際に会社が提示した「過去全ての赤字分を補填」という要求は、労働者に対する不当な負担を意味します。労働者は会社の赤字を補填する義務を負うものではありません。これは労働基準法に違反する可能性があります。

このような状況では、まずは労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は、労働者の権利を保護し、会社の違法行為を是正するための機関です。また、弁護士に相談して法的な観点から問題を解決することも考えられます。

最後に、会社との交渉においては、冷静さを保ち、証拠をしっかりと揃えることが重要です。契約書、経費の明細、利益の計算方法など、すべての関連文書を保管し、必要に応じて提示できるようにしておきましょう。これにより、交渉の際に自分の主張を裏付けることができます。