あなたの職場での有給休暇の扱いと傷病手当金の申請に関する問題は、確かに労働基準法に違反している可能性があります。労働基準法では、有給休暇は労働者の意思に基づいて取得できる権利とされており、会社が勝手に有給休暇を付与することは許されていません。また、傷病手当金の申請についても、有給休暇を使い切ることを条件にするのは違法です。

このような問題に対しては、労働基準監督署に相談することが有効です。労働基準監督署は、労働基準法の違反に対して調査を行い、是正勧告を行う権限を持っています。具体的な手続きとしては、労働基準監督署に訪問し、状況を説明することから始めます。必要に応じて、証拠となる書類（勤務表、有給休暇の記録、傷病手当金の申請書類など）を持参すると良いでしょう。

また、労働組合に加入している場合は、組合に相談することも一つの手段です。労働組合は労働者の権利を守るための交渉や支援を行うことができます。

これらの問題は、労働者の権利を侵害するものであり、適切な手続きを通じて解決を図ることが重要です。労働基準監督署や労働組合に相談することで、状況が改善される可能性が高まります。