振替休日の控除に関する質問について、以下に詳細な回答を提供します。

まず、振替休日とは、労働者が法定休日に出勤した場合、その代わりに別の日を休日とすることを指します。この振替休日の取得により、労働時間が週40時間を超える場合、その超過分に対して割増賃金が発生します。

質問のケースでは、従業員が土曜日の午前中に出勤し、木曜日の午前中に振替休日を取得した後、定時まで働いた上でさらに50分の残業をしています。この50分は法定内残業として扱われ、週40時間に含まれるため、割増賃金が発生します。

ここで重要な点は、振替休日を取得したことにより、本来ならば発生しなかった割増賃金が発生しているということです。一般的に、振替休日を取得した場合、その分の労働時間は控除されることが多いですが、法律上の明確な規定はありません。

そのため、会社の内部規定や就業規則に基づいて、振替休日の控除を行うかどうかが決定されます。質問者の会社では、振替休日を取得した場合でも、割増賃金を1.25倍で支給するという方針があるようです。これは、振替休日を取得したことによる労働時間の調整を行わず、通常の割増賃金を支払うという考え方に基づいています。

したがって、1.25倍で支給するのは、同一週内に振替休日を取得しているからというよりも、会社の方針や就業規則によるものである可能性が高いです。具体的な対応については、会社の人事部門や労務担当者に確認することをお勧めします。

まとめると、振替休日の控除については法律上の明確な規定がないため、会社の内部規定に従うことになります。質問のケースでは、振替休日を取得した場合でも割増賃金を1.25倍で支給するという方針があるため、そのように対応することになります。