SES（System Engineering Service）とは、特定のプロジェクトや案件に対して技術者を派遣する形態のことを指します。SESで働く場合、基本的には所属会社の就業規則が適用されますが、現場の案件によっては、そのプロジェクト独自の労働条件が適用されることがあります。

ご質問のケースでは、所属会社の就業規則では土曜日、日曜日、国民の祝日が休日とされているにもかかわらず、参画している案件が土日祝を含む週休二日制となっており、これが所属会社の休みとは基本的に関係なく、補填の休み、休日出勤扱いでもないという状況です。

このような場合、まずは所属会社と現場の両方に確認を取ることが重要です。具体的には以下の点を確認する必要があります：

1. 現場の労働条件：現場の案件において、週休二日制がどのように定められているか、具体的な休日の日程や条件を確認します。
2. 所属会社の就業規則：所属会社の就業規則において、SES派遣先での労働条件がどのように扱われるかを確認します。特に、休日の扱いや休日出勤の場合の手当てについて詳細を把握します。
3. 労働基準法の遵守：労働基準法に基づき、週休二日制が適切に適用されているか、休日出勤の場合には適切な手当てが支払われるかを確認します。

これらの確認を通じて、現場の労働条件が所属会社の就業規則と整合しているか、または労働基準法に違反していないかを判断します。もし、現場の労働条件が所属会社の就業規則や労働基準法に違反している場合、所属会社を通じて是正を求めることが必要です。

また、SESの働き方は通常、プロジェクトや案件ごとに労働条件が異なることが多いため、常に最新の情報を把握し、自身の労働条件が適切に保たれているかを確認することが重要です。