あなたの経験は、日本の労働環境における一般的な問題を浮き彫りにしています。特に、試用期間後の昇給が基本給ではなく、職務手当や技能手当に振り分けられることは、労働者の権利を侵害する可能性があります。

まず、職務手当や技能手当は、通常、特定の職務や技能を持つ労働者に対して支払われるものです。これらの手当が基本給の代わりに支払われる場合、労働者の基本給が低く設定されることになり、結果として、残業代や退職金などの計算に影響を与える可能性があります。

また、みなし残業手当についても注意が必要です。みなし残業手当は、実際の残業時間に関係なく、一定時間の残業代を支払う制度です。しかし、この制度が濫用されると、労働者の法定労働時間を超える労働が正当化される可能性があります。

あなたの場合、みなし残業時間が5時間増加したことは、実際の残業時間がほとんどないにもかかわらず、会社が労働者の権利を侵害している可能性を示唆しています。

このような状況では、労働基準監督署に相談することをお勧めします。労働基準監督署は、労働者の権利を保護し、違法な労働条件を是正するための機関です。また、労働組合に加入することも、労働者の権利を守るための有効な手段です。

最後に、会社との関係を悪化させることを恐れずに、自分の権利を主張することが大切です。労働者の権利は法律によって保護されており、あなたが不当な扱いを受けていると感じるのであれば、それを訴えることは正当な行為です。