休職中の給与控除については、基本的には休職前の標準報酬月額を基準に計算されます。しかし、長期休職の場合、欠勤控除額が変わる可能性があります。具体的には、健康保険法や厚生年金保険法に基づき、休職期間が1年を超える場合、標準報酬月額が見直されることがあります。この見直しは、休職者の生活状況や経済状況を考慮して行われます。また、企業によっては独自の規定で、長期休職者の給与控除額を調整する場合もあります。したがって、具体的な控除額については、各企業の就業規則や人事部門に確認することが必要です。