はい、基本的に会社の指示に従うべきです。交通費の申請において、会社が定めたルールや手続きに従うことは、労働者の義務です。会社が最安ルートを推奨しているのは、経費削減のためであり、これは企業の経営効率を向上させるための合理的な判断です。また、交通費の申請において、個人の都合でルートを変更することは、会社のルールに反する可能性があります。したがって、庶務から指示されたルートに従うことが望ましいです。ただし、指示されたルートが極端に不便である場合や、健康上の問題がある場合など、特別な事情がある場合は、その旨を会社に報告し、相談することが重要です。このような場合、会社は個別の状況を考慮して、柔軟に対応することが求められます。