美容師として業務委託に切り替える際の報酬と消費税の取り扱いについてのご質問にお答えします。

まず、業務委託契約において、報酬の計算方法は基本的に契約内容に基づいて行われます。ご質問のケースでは、フリー40%、指名60%という割合で報酬が計算され、指名売り上げが110万円（税込）の場合、60万円の報酬が支払われるとのことです。この計算方法は一般的な業務委託契約の報酬体系であり、特に問題はありません。

次に、消費税の取り扱いについてです。消費税は基本的に、商品やサービスの提供者が納税義務者となります。しかし、業務委託契約においては、報酬の支払いに際して消費税が含まれる場合、その消費税の納税義務は委託者（あなた）にあります。つまり、店側が消費税を納めるという認識は一般的には正しくありません。

具体的には、110万円（税込）の売り上げから消費税分を差し引いた金額が報酬の基礎となります。消費税は10%ですので、110万円の売り上げから10万円を差し引いた100万円が税抜きの売り上げとなり、その60%である60万円が報酬となります。そして、その60万円に対して消費税が課税され、あなたが納税することになります。

したがって、店側が消費税を納めるという認識は間違いであり、あなた自身が消費税を納める必要があります。この点については、税理士や税務署に確認し、正確な納税手続きを行うことをお勧めします。

また、業務委託契約においては、報酬の支払い方法や納税の責任分担など、詳細な契約内容を明確にすることが重要です。契約書を作成し、双方が理解した上で署名することを忘れないようにしましょう。