薬剤師の派遣において、休憩時間が時給として支払われるかどうかは、派遣契約の内容によります。一般的に、派遣労働者の場合、休憩時間は労働時間とは別に設けられ、その時間に対しては賃金が支払われません。しかし、派遣会社との契約によっては、休憩時間を含めて時給が設定されている場合もあります。具体的な契約内容については、派遣会社に確認することが必要です。また、労働基準法により、労働者は労働時間に応じて最低限の休憩時間が保障されていますので、その点も確認しておくと良いでしょう。