派遣会社で長期欠勤した場合、特に体調不良が原因であれば、クビになる可能性は低いと考えられます。日本の労働法では、健康保険法に基づき、病気や怪我による欠勤は労働者の権利とされており、雇用者はこれを理由に解雇することはできません。

ただし、派遣会社との契約更新があったとしても、長期間稼働していない場合、派遣会社側からの継続的な雇用の意思があるかどうかを確認することが重要です。派遣会社は、雇用する労働者に対して、一定期間の稼働実績を求めることがあります。そのため、長期間稼働していない場合、次回の契約更新時に雇用継続の意思が示されない可能性があります。

また、派遣会社は、派遣先企業のニーズに合わせて労働者を派遣するため、長期欠勤が続くと、派遣先企業のニーズを満たせなくなる可能性があります。その結果、派遣会社側からの雇用継続の意思が弱まることも考えられます。

したがって、体調不良が原因であれば解雇される可能性は低いですが、長期欠勤が続く場合、次回の契約更新時に雇用継続の意思が示されない可能性があります。そのため、体調が回復したら、早めに派遣会社に連絡し、稼働可能な状態であることを伝えることが重要です。