派遣社員としての労働契約について、基本的にはあなたの理解は正しいです。派遣社員は、派遣元との間で労働契約を結び、その契約内容に基づいて派遣先で業務を行います。契約内容には労働時間や仕事内容が明記されており、その範囲内で業務指示があります。

しかし、契約内容に明記されていない付随業務については、一般的には契約業務の範囲内であれば対応することが求められます。ただし、それが過度になり、本来の業務内容を超える場合は、問題となる可能性があります。

あなたの場合、一般事務職としての契約でありながら、script開発やアプリ開発などの指示があるとのことです。これが一般事務の付随業務として求められるのかどうかは、契約内容をよく確認する必要があります。もし、これらの業務が契約内容に含まれていない場合、過重な業務負担となり、労働基準法に違反する可能性があります。

また、休日を利用して業務を行うことは、労働者の休息の権利を侵害するものであり、適切ではありません。派遣会社に相談しても解決策が見つからない場合は、労働基準監督署に相談することも一つの選択肢です。

最終的には、現在の環境で頑張るか、他の派遣先を探すかはあなた自身の判断になりますが、自身の権利をしっかりと守ることが大切です。