地方公務員の賞与、特に期末手当と勤勉手当は、基本的に在職期間に応じて支給されます。つまり、病気休暇中の期間は通常、賞与の計算に含まれません。具体的には、賞与の計算は以下のように行われます：

1. 期末手当：これは6月と12月に支給されるもので、その期間の在職期間に応じて支給されます。病気休暇中の期間は在職期間に含まれないため、その分の手当は減額される可能性があります。

2. 勤勉手当：これは勤務成績に基づいて支給されるもので、病気休暇中は勤務成績が評価されないため、この部分も減額される可能性があります。

具体的な計算方法は各自治体によって異なる場合がありますので、詳細は所属する自治体の人事課や総務課に確認することをお勧めします。また、病気休暇中の賞与に関する規定は、地方公務員法や各自治体の条例に基づいているため、法的な確認も重要です。

なお、病気休暇中でも健康保険や厚生年金などの社会保険料は引き続き徴収されるため、賞与からもこれらの保険料が控除される点にも注意が必要です。