新入社員として、仕事を始めて3日目で辞めた方がいいのか悩んでいる状況にあることを理解しています。まず、仕事の内容が三交代の工場機械保守であること、そして週休2日制（曜日ランダム）で月9日休み、年間休日108日という勤務体制が、将来家族を持つことを考えると厳しいと感じていることは、非常に重要な考慮点です。

しかし、福利厚生が良く、給料、残業代、ボーナス、退職金も良いという点も見逃せません。これらの要素は、仕事を続けるかどうかを決定する上で大きな影響を与えるでしょう。

まず、仕事を辞めることを考える前に、現在の仕事環境についてもう少し理解を深めることをお勧めします。3日間では、仕事の全てを把握することは難しいかもしれません。また、上司や同僚とのコミュニケーションを通じて、仕事の内容や勤務体制についての理解を深めることができるかもしれません。

次に、将来の家族計画と仕事のバランスについて考えることも重要です。週休2日制であることや、年間休日が108日であることは、確かに家族との時間を取る上で制約となるかもしれません。しかし、これは全ての人にとって同じ条件であり、それでも多くの人がこの仕事を続けていることを考えると、あなたもそれが可能であるかもしれません。

最後に、3年の経験を積んで転職を考えているという点についてです。これは一つの選択肢として考えられますが、その前に、現在の仕事があなたにとって本当に不適切であるかどうかをもう一度考え直すことをお勧めします。もし、それでも辞めることが最善の選択であると判断した場合は、その決断を尊重します。

結論として、仕事を辞めるかどうかは、あなた自身の価値観や将来の計画に大きく依存します。現在の仕事環境についてもう少し理解を深めた上で、自分自身と向き合い、最善の選択をすることをお勧めします。