外国人技能実習生のマナー問題に対処するには、まず、文化的な違いを理解し、それに基づいた対応が必要です。日本人の職場では、一般的にトイレの使い方や痰吐きなどの行動はマナー違反とされますが、実習生の出身国ではそのような行動が許容されている可能性があります。そのため、まずはその行動が文化的な背景に基づいているのか、それとも単にルールを守らない行動なのかを明確にすることが重要です。

文化的な違いがある場合、それを理解した上で、日本の職場でのマナーを丁寧に説明することが必要です。例えば、トイレの使い方については、具体的な理由（トイレの詰まりや破損のリスク）を説明し、代替の方法（例えば、休憩所の流し台の三角コーナーでの処理）を教えることが有効です。痰吐きについても、同様に健康上の理由や職場の衛生管理の観点から説明することが重要です。

また、上司や同僚との連携も重要です。上司が実習生の行動を許容している場合、その理由を理解し、一緒に対策を考えることが必要です。例えば、近所とのトラブルを避けるために会社のゴミ捨て場を使用させている場合、その背景を理解し、代替の解決策（例えば、ゴミの分別方法の教育や近所とのコミュニケーションの改善）を提案することができます。

さらに、実習生の生活環境や経済状況も考慮する必要があります。例えば、消耗品を自分で購入することが難しい場合、会社が一部を提供することも一つの解決策です。ただし、その場合でも、実習生には自立して生活することを学ぶ機会を与えることが重要です。

最後に、実習生の日本語能力を考慮し、分かりやすい日本語でルールやマナーを説明することが必要です。細かいニュアンスが伝わらない場合、図や絵を使って説明することも有効です。

総じて、外国人技能実習生のマナー問題に対処するには、文化的な違いを理解し、丁寧かつ具体的に説明することが重要です。また、上司や同僚との連携も欠かせません。