市役所での不当人事に関するあなたの状況は、非常に困難であり、解決に向けた適切なアドバイスを提供することが重要です。まず、あなたの状況を理解するために、以下の点を考慮してください。

1. 職場環境の理解：あなたが所属する課の職場環境は、他の職員との関係性が非常に重要です。あなたが感じているように、性格や空気感が合わないということは、職場での評価に大きく影響する可能性があります。これは、特に公務員のような組織文化が強い職場では顕著です。

2. 昇進の基準：公務員の昇進は、通常、業績や能力だけでなく、人間関係や組織内での評価も重要な要素です。あなたの昇進論文が問題なかったにも関わらず、昇進が見送られたことは、この点を強く示唆しています。

3. 職員課の役割：職員課は、人事異動や昇進に関する決定を行う重要な部署です。あなたの状況では、職員課が特定の職員の意見を全面的に採用したことが問題となっています。これは、職員課の判断基準やプロセスに疑問を投げかけるものです。

4. 労働組合の役割：労働組合は、通常、職員の権利や利益を守るための組織です。しかし、あなたの状況では、労働組合が役に立たないと感じています。これは、労働組合の構造やその役割について再考する必要があるかもしれません。

解決策：

1. 内部申し立て：まず、市役所内部の申し立て制度を利用することを検討してください。これにより、あなたの状況が上層部に認識され、再評価される可能性があります。

2. 外部機関への相談：内部の申し立てが有効でない場合、外部の機関に相談することを検討してください。例えば、人事院や労働基準監督署などは、不当な人事処遇に対する相談窓口を持っています。

3. 法的手段：最後の手段として、法的手段を検討することもできます。弁護士に相談し、あなたの状況が法的にどのように扱われるべきかを確認することが重要です。

4. 心理的サポート：このような状況は、心理的な負担も大きいでしょう。職場の心理カウンセリングサービスや、外部の心理カウンセラーに相談することも有効です。

これらのアプローチを組み合わせることで、あなたの状況が改善される可能性が高まります。しかし、どの方法を選択するにしても、迅速な行動が鍵となります。